神无月的巫女全集动画讲述了远古之神"大蛇"企图灭世,因而产生了两位救世巫女。两位巫女经由不停地轮回转世,相遇后以两人之力封印住大蛇。而原本只是普通高中生、却为"日之巫女“转世的来栖川姬子以及"月之巫女"的转世姬宫千歌音,为了再次封印大蛇,不得不想办法召唤传说中的剑神"天之丛云"。大蛇的八个仆人们(人性的八个黑暗面)为阻止两人召唤天之丛云,而屡次对她们发动袭击;这时,原本应该是"大蛇"之一、排名顺序七的大神相马因为暗恋姬子已久,而背叛了大蛇的意志,屡次地拯救她们,但却又引发了另一场风波。不停轮回的两人,无法分离的命运,这是身为“神无月之巫女”的命运。
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一切都将在此结束,姬宫千歌音告诉来栖川姬子所有的真相,神代的战斗、前世的因缘,以及日月巫女过去所做出的残酷仪式。最后,姬宫千歌音终于向来栖川姬子表白“我一直都很喜欢你…从很久以前”。在逐渐崩塌的世界,
天空升起黑色月亮,最终决战的时刻终于来临。大神相马与来栖川姬子虽然驾驶剑神天丛云抵抗大蛇,但大蛇的力量实在过于强大。经过一场激烈战斗后,来栖川姬子独自来到姬宫千歌音面前,没想到那里居然是她们两人的宿命
为了再见千歌音一面,姬子决定独自进行天丛云的复活仪式。即使受到强烈冲击与疼痛的袭击,姬子还是咬牙忍受,终于成功地完成仪式。而大神相马也将自己的决心告诉来栖川姬子,并希望能驾驶天丛云。当天晚上,回到家的